赣州市疾病预防控制中心于2004年经市编办批准成立，是市卫生计生委下属副处级全额拨款公共卫生事业单位，核编82人，内设办公室、质控科、总务科、职业卫生科、传染病预防控制科、免疫规划管理科、地方病与慢性病科、公共卫生科、结核病预防控制科、艾滋病性病预防控制科、预防门诊部、检验科等机构12个，承担着全市疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、职业病诊断与职业健康监护及健康危害因素监测与干预、实验室检测检验与评价、健康教育与促进技术管理与应用研究指导等7大基本职责26大工作任务78项工作项目266项主要工作内容。
中心人员现有正式职工66人，其中专业技术人员50人。
中心人才梯队合理，学历构成较高（研究生2人，本科24人，大专22人），本科以上学历占专业技术人员50%；职称结构合理（正高2人，副高7人，中级24人，初级19人），中级以上职称占专业技术人员63%；专业结构较好（预防医学专业19人，临床医学19人，卫生检验13人，护理4人，药学2人，其他5人）。2009年起，中心成为赣南医学院的实习带教基地。2011年起，中心成为全省疾控人员进修培训基地。
近年来，中心狠抓内部管理，在全市市医疗卫生单位率先引入并施行绩效考核管理；强化队伍建设，全力打造了一支“拉得出、打得赢”的疾控队伍；狠抓卫生应急，抓准备，抓体系，抓队伍，抓处置，“四抓”并重，应急能力大幅提升，确保了突发公共卫生事件的有效有力处置，顺利地完成了灾后防病重任；狠抓急性传染病、重大传染病和扩大国家免疫规划民生工程，手足口病、流感等急性传染病得到有效控制，艾兹病和结核病等重大传染病防控成效显著，免疫规划针对性疾病发病率逐年下降；狠抓职业卫生和卫生监测，率先取得职业病诊断、职业健康健康监护与职业卫生技术服务三大职业病防治资质，是全省市级资质最全的职防机构；狠抓学科建设，不断引进新技术和新项目，职业卫生列为2012年省市共建重点学科，流行病学、免疫规划、卫生检验和艾性科等学科为市重点学科；狠抓卫生服务能力建设工程，拥有高效液相色谱仪、气-质联用仪、连续流动分析仪等先进仪器设备340多台件，价值达800多万元，实验室设备达标率达90.1%；实验室建设具有了一定的规模和水平，在全省设区市率先高标准建成国家流感网络实验室、HIV确证实验室和国家食源性监测网络实验室，具备艾滋病病毒抗体初筛和确诊试验、流感病毒分离分型和有机磷农药检验检测等240项检测能力，检验检测能力达标率达90.6%。能面向社会开展传染病、地方病、慢性病的预防控制知识咨询与指导，预防性职业性健康体检，职业病诊断，职业病、结核病、麻风病防治康复指导，预防接种与免疫效果测定，食品、环境、生活饮用水、化妆品、放射、职业卫生监测和卫生水害评价，医疗机构消毒监测考核，健康相关产品的委托检测，质量检验、鉴定，职业卫生等技术服务工作。
近年来，中心成绩显著，连续6年荣获赣州市市直医疗卫生单位综合目标管理先进单位和全市医疗卫生单位综合目标管理先进单位； 连续多次荣获全省抗震救灾先进集体、全省卫生应急先进集体、全省医药卫生系统抗洪救灾防病先进基层党组织、 全市市直创先争优先进基层党组织，全市防汛抗旱先进集体；多次荣获全省结核病、免疫规划、急性传染病控制先进单位，在历年全省业务质量考评和竞赛中多次荣获全省一、二、三名。